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#!/usr/bin/perl
$aa=shift @ARGV; #该程序用于从fasta文件中根据指定的位置信息，抓取序列；第一个参数是位置信息，每一行格式如下：contig_35424:2:207（用冒号分开，序列ID:位置1：位置2）
$bb=shift @ARGV; #第二个参数是fasta文件
open AA,"<$aa";
$aa=s/(\w*).txt/$1.fasta/; #$aa作为输出文件的文件名
open CC,">>$aa";
while(){/$array[0]/){ #变量flag初始为1，便于寻找序列ID(eg：contig_35424)
$flag=0; #当寻找到序列ID后，flag设为0,之后开始寻找特定字符串
next; #类似c与pathon中的continue；
}
elsif(!$flag&&$string!~/>.*/){
chomp;
@array=split /:/,$_; #根据冒号风格字符串到数组中
$flag=1;
open BB,"<$bb";
while(chomp($string=)){ #根据数组中的信息，从打开的fasta搜索序列，并保存
if($flag&&$string=
$temp_string=length($string); #判断字符串长度
if($array[1]>$temp_string){ #如果位置1坐标大于字符串长度，那么将位置减去当前字符串长度，并读入下一行
$array[1]-=$temp_string;
$array[2]-=$temp_string;
}
elsif($array[2]>=$temp_string){ #位置2坐标大于当前字符串长度，则开始读取子字符串
if($array[1]>0){
$mRNA.=substr($string,$array[1]-1); #在字符串中寻找字串
$array[1]-=$temp_string; #寻找到匹配的字符串后，将位置的坐标相应将去当前字符串长度
$array[2]-=$temp_string;
}
else{
$mRNA.=substr($string,0);
$array[2]-=$temp_string;
}
}
elsif($array[2]>0){
if($array[1]>0){
$mRNA.=substr($string,$array[1]-1,$array[2]-$array[1]+1);
$array[2]-=$temp_string;
}
else{
$mRNA.=substr($string,0,$array[2]);
$array[2]-=$temp_string;
}
}
if($array[2]>0){next;}
}
else{ next;}
if($array[2]>0){ print CC ">$array[0]\nthis string no exists\n";last;}
print CC ">$array[0]\n$mRNA\n";
$mRNA=''; #将mRNA重新设为空；
last;
}
close BB; #关闭文件句柄
}
close AA;
close CC;